Chùa Vạn Niên nằm ở bờ Tây của hồ Tây, thuộc địa phận ấp Quán La cũ, ngày nay là phường Xuân La (quận Tây Hồ). Theo sử sách ghi lại, chùa được xây dựng từ năm 1014, ít năm sau khi vua Lý dời đô về thành Thăng Long. Trong lịch sử tồn tại, nhiều nhà sư danh tiếng như Lâm Tuệ Sinh, Biện Tài, Thảo Đường từng trụ trì ở chùa.

Từ năm 1992, dòng truyền thừa Drukpa của Phật giáo Kim Cương thừa Tây Tạng đã được cố Thượng Tọa Thích Viên Thành đưa vào chùa. Từ đó chùa Vạn Niên trở thành một trong số rất hiếm hoi những ngôi chùa ở Việt Nam chịu ảnh hưởng của Phật giáo Tây Tạng.

Dưới ảnh hưởng ấy, sau nhiều lần trùng tu, dựa trên cơ sở văn hoá truyền thống của người Việt, kiến trúc của chùa đã được kết hợp với những đường nét kiến trúc đặc trưng của Phật giáo Tây Tạng để tạo nên một tổng thể kiến trúc với vẻ đẹp riêng, có một không hai ở Hà Nội.